Насколько я понимаю, матрица автоматически дает порядок голосов в четвертой части (что само по себе нетривиально - всего возможны 24 варианта). Остальные детали, вероятно, пришлось извлекать более профессиональным способом. К теме BACH это не имеет прямого отношения. Подробности в статье:
Göncz, Z.: Reconstruction of the Final Contrapunctus of The Art of Fugue

Самому было интересно понять, но, увы, не хватает музыкального образования...